Coliforms và enterobacteria có khả năng lên men đường lactose (Enterobacteriaceae dương tính với lactose), là những vi khuẩn không chỉ hiện diện trong hệ vi sinh đường ruột của người và động vật hằng nhiệt, mà còn có trong đất và nước. Coliforms là bằng chứng cho thấy sự ô nhiễm hữu cơ, môi trường hoặc phân. Ô nhiễm phân, do coliform từ chất thải động vật, bao gồm chủ yếu là Escherichia coli và Klebsiella chịu nhiệt.

Hiện có các quy định nghiêm ngặt liên quan đến sự hiện diện của E. coli /coliforms trong các mẫu nước. Điều này có thể được giải thích bởi tầm quan trọng của những vi khuẩn này trong việc xác định độ an toàn của nước uống cũng như hiệu quả xử lý, lưu trữ và phân phối.

Pseudomonas là vi khuẩn được tìm thấy trong đất, trên thực vật, ở môi trường nước ngọt và biển. Nhiều chủng có thể phát triển ở nhiệt độ thấp (chủng ưa lạnh) và gây ô nhiễm thực phẩm hoặc dược phẩm bảo quản trong tủ lạnh.

P. aeruginosa là chỉ số dùng để xác nhận tính hiệu quả của việc khử trùng nước tắm. Nó cũng được sử dụng như một tiêu chí trong quy định về bể bơi. Ngoài ra, P. aeruginosa không chỉ quan trọng vì có vai trò là chất chỉ thị mà còn vì nó là mầm bệnh cơ hội có khả năng lây truyền thường liên quan đến nước.

Các Pseudomonas khác được biết đến là gây hư hỏng thực phẩm ở nhiệt độ thấp. Những chủng ưa lạnh này bao gồm: P. fragi , gây hư hỏng các sản phẩm sữa, P. taetrolens gây nấm mốc trong trứng, và P. mudicolens và P. lundensis, gây hư hỏng sữa, pho mát, thịt và cá, nhưng hiếm khi gây ra trường hợp ngộ độc thực phẩm.